Die Häfen Hannover erbringen in allen vier Hafenstandorten Güterverkehrsleistungen als Anschlußbahn des nichtöffentlichen Verkehrs (als sog. NE Bahnen). Alle Standorte zusammen verfügen über ein weitverzweigtes Gleisnetz das sich über 100 km erstreckt. Damit werden die angesiedelten Gewerbebetriebe logistisch versorgt und erhalten den Zugang in das Netz der Deutschen Bahn.
Daneben werden von den Häfen verstärkt bahnlogistische Projektabwicklungen angeboten.
Zur Durchführung des Eisenbahnbetriebes stehen den Hafenbahnen moderne Rangier- und Weichentechnik, z.T. mit OEW Technik (elektrisch ortsbediente Weichen) und 11 Lokomotiven, die zum größten Teil mit Funkfernsteuerungen ausgerüstet sind, zur Verfügung. Darüber hinaus verfügen sie über zahlreiche eigene Hafenwagen für den Einsatz innerhalb der Anschlußbahnen.
Das Verkehrsaufkommen umfasst u.a. Transporte für die Automobilindustrie und deren Zulieferindustrie, Kohle- und Mineralölprodukte sowie Erzeugnisse der chemischen Industrie und Stahlerzeugnisse.
Ein wichtiger zentraler Bestandteil der Hafenbahnleistungen ist die Umschlaganlage für den Kombinierten Ladungsverkehr in Hannover Lindener-Hafen (Leinetor).