1978 war die HMTMH die erste ihre Art, die in Deutschland das Promotions- und Habilitationsrecht erhielt. Im Sommersemester 2013 belegen 40 Doktoranden die Attraktivität der HMTMH für Promotionsvorhaben unter anderem in der Musikwissenschaft.
Gefördert werden ausdrücklich auch Quereinsteiger mit interessanten Biografien, innovativen und praxisrelevanten Forschungsvorhaben oder interdisziplinär angelegten Konzepten. Um das hohe wissenschaftliche Niveau zu sichern, ist der Zulassungsprüfung eine anspruchsvolle Qualifikationsphase vorgeschaltet.
Höchst effektiv wird der Promotionsstudiengang durch intensiven Austausch zwischen den Promovierenden und ihren Lehrenden sowie durch wöchentliche Kolloquien mit Teilnahmepflicht.
Für ein Mehr an Zeit hat die HMTMH das Rigorosum abgeschafft, für ein Mehr an Transparenz die Notengebung den Qualitätskriterien der Deutschen Forschungsgemeinschaft angepasst. Formale Sicherheit gibt der in der Promotionsordnung festgeschriebene „Betreuungsvertrag“, der Berichts- wie Supervisionspflicht schriftlich regelt.